ในระยะยาวจะทำให้กระดูกรอบรากฟันหรือรากฟันซี่ข้างเคียงละลายได้ เนื่องจากฟันคุดที่สามารถขึ้นพ้นเหงือกออกมาได้แต่อยู่ในลักษณะเอียงไม่เป็นไปตามแนวฟันเหมือนฟันที่ขึ้นปกติส่งผลให้มีแรงดันชนกับฟันซี่ข้างเคียง

ฟันฝังส่งผลให้ฟันที่อยู่ข้างเคียงเปลี่ยนตำแหน่งไป หรือมีโอกาสทำให้รากฟันข้างเคียงเกิดการละลาย

สามารถเกิดการผุของฟันได้ง่ายเนื่องจากไม่สามารถทำความสะอาดบริเวณนั้นได้ เมื่อเกิดการผุคนไข้มักจะไม่รู้ตัว เชื้อโรคสามารถผุทะลุถึงชั้นโพรงประสาทฟันได้เร็วกว่าปกติเนื่องจากบริเวณที่ฟันคุดขึ้นชนมีผิวชั้นเคลือบฟันและชั้นเนื้อฟันน้อยกว่าด้านบนของฟัน